Delle 91 riserve naturali istituite dalla Regione Siciliana, due ricadono sul  territorio di Contessa Entellina:

La Riserva Naturale Integrale "Grotta di Entella" che si trova nella parte settentrionale del territorio nella Rocca di Entella.

La Riserva Naturale Orientata Santa Maria del Bosco e Monte Genuardo che ricade nella parte meridionale del territorio ed interessa anche i comuni di Sambuca di Sicilia (Ag) e Giuliana (Pa).